(一)党群工作部。负责党工委(管委会)中心工作、重大决策、重要活动的组织实施、综合协调和督查督办;负责公文收发和文秘信息工作;负责党工委会议、管委会委务会以及其他重要会议的会务和服务工作;负责机要保密、档案、后勤接待、目标绩效管理工作。负责机关党的政治建设,思想建设、组织建设、作风建设以及其他党务工作;负责机构编制、人事人才、离退休人员管理服务工作;负责统一战线、民族宗教以及工会、共青团、妇联、工商联等群众团体工作;负责人大代表、政协委员联络工作;指导港区企事业单位党建工作。
(二)产业发展部。负责港区经济社会发展规划和铁路港发展改革、战略规划、政策研究制定等工作;负责港区产业发展规划研究并指导实施;负责发展港区现代物流、贸易服务、进出口加工等主导产业;负责产业扶持政策申报兑现工作。负责全市铁路项目及港区项目谋划、包装、储备、争取及推进等工作;协同有关单位编制全市铁路建设发展规划和年度计划;负责与国家、省有关单位的衔接与路地融合发展相关工作;配合开展全市铁路项目及港区项目涉及的国家政策和资金支持争取工作。
(三)规划建设部。贯彻执行国家和省、市有关规划建设、自然资源工作的法律法规;配合有关部门编制国土空间规划,经批准后组织实施;负责港区项目推进和管理工作;参与全市铁路项目和港区项目选址、规划设计、方案报审等前期工作。负责编制、报送港区建设计划、用地计划;负责全市在建铁路项目的协调和推进等工作;统筹协调港区项目征地拆迁工作。
(四)口岸物流部。负责口岸运行与管理工作,参与港区口岸建设申报工作;协调港区口岸及海关特殊监管区域政策争取工作;负责港区保税物流、保税加工、保税服务和国际班列开行工作;统筹协调多式联运工作;负责铁路运输货源组织工作。
(五)投资促进部。负责招商引资、对外合作工作,组织开展招商项目策划、包装、宣传推介以及招商引资调查研究、指标统计和档案归档工作;负责制定年度投资促进工作计划,统筹组织和参加相关重大投资促进活动;负责港区营商环境优化工作;负责企业签约落地、投运发展、运行服务等工作;负责闲置资源清理、项目清退工作。
(六)财务部。贯彻执行国家财税和国有资产管理的方针、政策和法律、法规;负责机关财务运行体制的建立和完善,拟定财务、国有资产等方面的管理制度并组织实施;负责编制机关收支预(决)算。负责广元国际铁路港运转资金筹集、使用和管理;负责港区国有公司财务、国有资产的监督管理;负责港区融资平台体系建设与管理,协调下属企业融资工作;负责全市铁路建设项目征拆资金监督管理工作;负责政府采购工作。
(七)协调服务部。负责港区企业服务。牵头负责竣工铁路项目遗留问题处理工作;配合有关部门开展依法治港、应急处置、环境保护、安全生产、信访维稳、社会治安和城乡环境综合治理等工作。
纪检监察工委。广元国际铁路港纪检监察工作委员会(简称广元国际铁路港纪检监察工委)为市纪委监委的派出机构,在市纪委监委和广元国际铁路港党工委的双重领导下开展工作,履行党的纪律检查和国家监察两项职责,负责监督广元国际铁路港党工委、管委会。下设纪检监察科。